Nada foi revelado sobre a família de Yahiko ou sua infância antes da Segunda Guerra Ninja. Tudo que se sabe é que, durante esse período, o garoto ficou órfão, passando a viver nas ruas e roubar comida para sobreviver sozinho. Eventualmente, ele e Konan, outra órfã por causa da guerra, passaram a trabalhar juntos, se unindo para conseguir comida e se manterem vivos. Pouco depois de os dois encontrarem um lugar para usarem de "casa", a menina trouxe um terceiro órfão para o grupo, Nagato. Apesar de não aprovar a inclusão dele inicialmente, com o tempo ele aceitou o novo integrante do grupo, dando início à amizade duradoura do trio, que continuou junto por muitos anos.

Pouco após a morte do cachorro de Nagato, os três cruzaram o caminho dos Sannin Lendários de Konoha. Querendo se tornar mais fortes para conseguirem se proteger e tornar o mundo melhor, eles pedem aos ninjas da Folha que os treinem. Tsunade e Orochimaru logo recusam, mas Jiraiya decide ensinar o básico para que eles possam se defender.

Ele passa três anos com os órfãos da Chuva, ensinando a eles não só sobre ninjutsu, como também outros meios de se manterem alimentados sem precisar roubar. Em determinado momento, eles são atacados por ninjas da Pedra, e Nagato consegue defender os outros graças a seu Rinnegan. Depois disso, Yahiko promete se tornar forte o bastante para proteger seus amigos, e um dia toda a Vila da Chuva.

Depois desse período, o trio passa em um teste, provando para Jiraiya que são capazes de se virar por conta própria. Com isso, o mestre retorna à sua vila, deixando os três na Vila da Chuva e permitindo que eles sigam seu próprio caminho.

Logo, a ambição deles de mudar sua vila e acabar com a guerra começa a ser colocada em prática. Para isso, eles oficialmente se tornaram ninjas da Vila da Chuva, e enquanto jovens adultos, viram a Terceira Guerra Ninja acontecer.

Nesse período, Obito, disfarçado como Madara, se encontrou com os três, tentando conseguir o apoio deles para o plano Olho da Lua. Yahiko, no entanto, não foi convencido, e desconfiando do homem mascarado, pediu que Konan e Nagato também mantivessem distância dele.

Depois disso, Yahiko se tornou o líder de um novo grupo, reunindo seguidores que acreditavam nos mesmos ideais de paz que ele desejava alcançar. Assim surgiu a Akatsuki, embora Obito afirme ter um papel em sua criação. O grupo começou a espalhar suas crenças de acabar com as guerras sem violência, ganhando notoriedade o bastante para que Jiraiya ouvisse falar disso no País do Fogo.

O crescimento do grupo foi tamanho que eles precisaram deixar o esconderijo onde viviam, ainda o mesmo em que foram treinados por Jiraiya, para encontrar um local maior.

Pouco antes de deixarem o lugar, o grupo sofreu um ataque. Apesar de todos saírem bem, a situação deixou claro que o crescimento da Akatsuki não era do agrado de todos, sendo apenas o início das ameaças que o grupo sofreria.

Com o crescimento da Akatsuki, o grupo começou a ganhar inimigos bastante poderosos. Entre eles, o mais perigoso era Hanzō, o líder da Vila da Chuva, que formou uma conspiração com Danzō Shimura para eliminar o trio de líderes da equipe.

Colocando a armadilha em prática, Hanzō obrigou Nagato a fazer uma escolha impossível: deixar que o líder da Vila da Chuva matasse Konan ou matar Yahiko ele mesmo. Sem hesitar, Yahiko decide por seu amigo, não querendo que ele fosse obrigado a escolher. O personagem se joga na kunai que seu amigo estava segurando, e encontra a morte dessa maneira. Em seus momentos finais, Yahiko pede a Nagato que não desista da missão deles de estabelecer a paz.

No universo de Naruto, muitos ninjas vem de clãs estabelecidos há anos e muito poderosos. Este é o caso desde os notáveis Uchiha até outros como o Aburame, o Kaguya ou o Yamanaka.

Ainda assim, nem todos os personagens possuem clãs. O Uzumaki, de onde Naruto vem, por exemplo, deixou de existir com a destruição do país de onde eles vinham. Outros personagens, como Sakura, possuem sobrenomes, mas não necessariamente clãs. E outros, tal qual Yahiko, não possuem nenhum dos dois.

Como mencionado, pouco é contado sobre sua família e passado. Assim, com as informações existentes até hoje, é possível afirmar que Yahiko não é de nenhum clã.

Após sua morte, o corpo de Yahiko passou a ser controlado por Nagato como o Caminho Deva de Pain. Desse modo, ele continuou a representar o principal líder da Akatsuki, sendo a representação escolhida tanto para liderar a Vila da Chuva quanto para ficar no comando da organização.

Quando o Caminho Deva foi derrotado e Nagato se sacrificou ao trazer os habitantes da Vila da Folha de volta, Konan, a última integrante do trio, levou os corpos de ambos para a Vila da Chuva. Lá, ela fez um santuário para os dois, que foi onde o corpo de Yahiko permaneceu.

O nome de Yahiko em japonês é escrito com dois kanjis. Um deles significa "completo/cheio" (弥) e o outro é o símbolo para "garoto" (彦). Outro detalhe sobre o personagem tem a ver com as informações extras divulgadas sobre ele. Sua data de aniversário, 20 de fevereiro, é a mesma de Konan, assim como o tipo sanguíneo dos dois.

Uma conversa entre esses dois personagens também revela que grande parte da motivação de Yahiko para assumir o papel de principal líder foi causada por Nagato. Isso porque ele sabia que o líder se tornaria o alvo da animosidade direcionada à Akatsuki, e ao assumir o lugar em público, todo o ódio seria direcionado apenas a ele, mantendo Nagato a salvo.