Esse é um episódio focado no Wolverine, mostrando um pedaço do seu passado. Nick Fury avisa à Logan que Magneto roubou os restos da Operação Renascimento. Com isso o mutante junto de Kitty e Kurt tentam encontrar o vilão para recuperar o resto do projeto que serviu para criar o Capitão América.

O episódio intercala os momentos do presente na busca pelo Magneto, e uma missão no passado onde Logan e Steve Rogers invadem um acampamento nazista para salvar alguns garotos Judeus. Na missão os heróis resgatam um pequeno garoto com poderes chamado de Erik Lehnsherr que mais tarde se tornaria Magneto.

Essa é a introdução de Wanda Maximoff, a Feiticeira Escarlate no desenho, que é bem diferente de sua versão dos quadrinhos. No episódio Wanda estava presa em um hospital psiquiátrico e consegue escapar por causa de Mística. Ela então se junta a seu irmão Pietro Maximoff, na Irmandade dos Mutantes.

A garota está constantemente com raiva e busca vingança por ser abandonada pelo pai Magneto. Ela se junta à Irmandade porque Mística diz que eles podem levar a feiticeira ao vilão. O episódio mostra a primeira vez que o grupo de vilões conseguiu derrotar os X-men, onde Wanda derrotar Jean, Kitty, Ciclope e Spike sem nenhum esforço, fazendo com que Xavier se sinta culpado por não ter ensinado os jovens a enfrentar um inimigo tão poderoso quanto a feiticeira.

Esse é um episódio simples, mas que mostra uma interação entre a Vampira e o Gambit. Nele Gambit sequestra a mutante, com o objetivo de fazer com que ela esqueça a culpa que sente pela morte da Mística, e também para salvar seu pai. Depois de quase se matarem, Vampira percebe que o mutante está falando a verdade e então os dois começam a busca.

No meio do caminho ela descobre que Remy faz parte da Guilda dos Ladrões e as pessoas que sequestraram seu pai fazem parte de uma gangue rival, chamada de Rippers. Ao final do episódio, eles conseguem resgatar o pai de Gambit e ele dá sua Rainha de Copas para Vampira para mostrar que se importa com ela.

Como o nome do episódio diz, o episódio introduz Laura Kinney, a X-23, personagem que foi criada para o desenho. Ele começa com a personagem roubando documentos da S.H.I.E.L.D mostrando a localização de Wolverine. E então ela invade a mansão Xavier para tentar caçar Logan.

Depois de entrar na mansão, ela consegue encurralar a maior parte dos X-Men. Enquanto isso, Logan descobre que a garota é um clone dele, criado pela H.Y.D.R.A para ser uma máquina de matar. Ele então confronta a garota, mas a deixa fugir, mostrando que ela pode seguir em frente. A X-23 chamou tanta a atenção do público que acabou sendo introduzida nas HQs, menos de 1 ano depois do lançamento do episódio.

Spike foi outro personagem que foi criado em X-Men Evolution, mas diferente de X-23 não chegou aos quadrinhos. Esse episódio mostra sua despedida da equipe dos X-Men, já que ele decide se juntar aos Morlocks, um grupo de mutantes que vive nos esgotos de Bayville.

O episódio tem foco em Evan, o Spike, que decide participar de uma competição de skate patrocinada pela bebida Pow-88. O energético tem uma reação aos mutantes, fazendo com que perca o controle de seus poderes, ou até morrendo. Os espinhos de Spike começam a sair de seu corpo incontrolavelmente, até que ele desmaie e seja resgatado por Calisto.

No esgoto, Calisto conta a Evan sobre os Morlocks e sobre suas mutações que tornam impossível viver na superfície fazendo com que eles decidiram viver escondidos embaixo da cidade, onde eles tinham paz até o Pow-88. Os esgotos estão ficando cheio da bebida que pode matar os mutantes. Então Spike decide ajudar o grupo com seu problema, e após resolvido escolhe abandonar os X-men para viver embaixo da cidade.

Tempestade Africana é um episódio mais focado em Tempestade, mostrando um pouco de sua vida antes de se juntar aos X-Men. Ela começa a ser atormentada por um Shaman que pretende roubar seus poderes. Xavier e outros da casa acreditam que o motivo dela estar tendo problemas para dormir vem da chegada de seu sobrinho Evan, o Spike.

Após alguns dias tendo problemas, como ficar assustada ao ver uma caveira no espelho do banheiro, Ororo começa a relembrar seus tempos na África como Deusa do Tempo quando é atacada pelo Shaman e o resto dos Hungans, o grupo de pessoas que viviam com ela.

O Shaman consegue prender a Tempestade e começa a fazer o ritual para roubar seus poderes, e então os X-Men chegam para salvá-la. Depois do conflito resolvido, a mutante conversa novamente com Evan dizendo que o instituto Xavier está dando outra chance para ele.

Os X-Men precisam se aliar à Irmandade para deter Magneto e seus acólitos, enquanto os Sentinelas também estão atacando. Ciclope e outros mutantes precisam fugir às pressas da mansão que está prestes a explodir.

O confronto com Magneto termina com ele desaparecido, e os heróis retornam para a mansão e percebem que ela está em pedaços. Ao descer do jato eles encontram Ciclope que confronta Xavier, que se revela ser Mística esse tempo todo, e o verdadeiro professor está desaparecido deixando os X-Men completamente desmoralizados.

É o dia da formatura de Jean e Scott, mas enquanto todos estão agitados com os preparativos, Vampira está atacando alguns mutantes para roubar os poderes deles. No discurso de formatura, Magneto e seu grupo de vilão aparecem para atacar Vampira afirmando que ela está sendo controlada por Mesmero. A mutante então foge voando utilizando seus poderes roubados.

Agora Wolverine precisa unir forças com Dente de Sabre e Gambit, para tentar encontrar a garota. O episódio dá início ao arco final de X-Men Evolution, com Apocalipse finalmente sendo acordado, depois de milhares de anos dormindo.

Esse é o último episódio da série, mostrando o embate final contra Apocalipse e também contra seus 4 Cavaleiros do Apocalipse: Xavier, Tempestade, Mística e Magneto. Os X-Men se unem à Irmandade, Acólitos e a S.H.I.E.L.D para tentar acabar com o mutante que ameaça todo o mundo.

Após derrotarem o vilão, Xavier tem uma pequena visão do futuro dos mutantes, como Jean sendo possuída pela Fênix Negra, Magneto sendo um professor da escola e um grande ataque dos Sentinelas comandado por Nimrod. De acordo com Boyd Kirkland, um dos escritores do desenho, a visão era o que eles planejavam fazer para a quinta temporada.

Esse talvez seja o episódio mais memorável do desenho. Depois de Ciclope dizer que estava pronto para resgatar as donzelas em perigo, Jean, Tabitha, Amara, Kitty e Vampira se juntam para formar uma equipe de vigilantes para mostrar que não precisam de nenhum homem.

Então elas formam as Sereias de Bayville e começam a combater o crime sozinhas. A equipe dura até o momento que elas caem em uma armadilha de Mística que termina com Tabitha incendiando o local sem querer. Quando o policial chega no lugar, ele decide deixar as garotas irem embora caso o grupo seja desfeito.

O episódio faz diversas referências a filmes dos anos 90 como Jovens Bruxas e Ela é Demais. Momento como o corte musical, onde as garotas definem suas novas roupas, e a chegada na escola onde todas as atenções se voltam para elas.