Como o fim de Naruto Shippuden mostra, Sasuke e Sakura se tornaram um casal após o personagem perceber seus erros e retornar à Vila da Folha. Posteriormente, é revelado que os dois viajaram juntos por algum tempo, e foi durante essas viagens que sua filha, Sarada, nasceu.

Apesar de retornar à vila e ficar com sua família por um tempo, Sasuke partiu novamente quando Sarada ainda era bem pequena. A importante missão que o mantinha distante era relacionada a investigar Kaguya, a última grande vilã de Naruto Shippuden. Sua personalidade, porém, não muda muito, e o personagem continua se mantendo distante, sem oferecer qualquer carinho, gentileza ou explicação ao reencontrar sua filha pela primeira vez em anos.

O reencontro de Sasuke com sua família acontece no arco protagonizado por ela, quando eles investigam o clone que se chama de Shin Uchiha. Apesar de inicialmente se mostrar distante e até fazer sua filha chorar por causa da maneira como age, ao longo da história Sasuke mostra se importar com sua família, fazendo de tudo para protegê-la.

A história investiga um pouco do passado deles, contando sobre as viagens do Uchiha e de Sakura, e confirmando que apesar da distância, ele de fato ama sua esposa e filha. Depois de lidarem com Shin e seus clones, o ninja retorna à Vila da Folha por um tempo, prometendo retornar logo quando precisa partir novamente.

Continuando a investigar Kaguya e seu exército de Zetsus Brancos, Sasuke acaba cruzando o caminho de Kinshiki e Momoshiki Otsutsuki. Não sendo capaz de derrotar os dois, ele escapa, retornando à Vila da Folha para passar as informações que encontrou ao Hokage.

É nesse período que ele conhece Boruto, o filho de Naruto, que pede que Sasuke o treine. O ninja concorda com a condição de que o garoto aprenda a fazer o Rasengan primeiro, tornando-o seu pupilo quando isso acontece. Os dois também falam sobre Naruto, já que o jovem Uzumaki quer se tornar mais forte para ultrapassar seu pai.

Sasuke permanece na Vila por algum tempo, aguardando que um pergaminho de Kaguya que havia encontrado seja decodificado. Isso, porém, só acontece quando as finais do Exame Chunin estão sendo realizadas, e quando o Uchiha parte para o local pretendendo avisar Naruto sobre Kinshiki e Momoshiki, a dupla já está atacando o local.

Após o Hokage ser sequestrado, Sasuke parte com Boruto e os outros Kages para a dimensão onde os Otsutsuki se encontram. Lá, os ninjas enfrentam seus adversários, salvando Naruto e retornando para seu mundo. No anime, Sasuke consegue ver que Momoshiki utiliza uma técnica, deixando o selo Karma em Boruto antes de ser derrotado, tudo graças ao seu Rinnegan.

O Uchiha pede que seu aluno o avise caso qualquer coisa aconteça com ele em decorrência disso. Depois, ele permanece na Vila da Folha com sua família por um tempo, antes de mais uma vez partir para investigar os Otsutsuki.

Entre grandes batalhas e investigações importantes, Sasuke volta a aparecer durante o Dia de Pais e Filhos. Sua participação mostra o ninja mais uma vez tentando se reaproximar de Sarada, mas as dificuldades que os dois encontram fazem com que a garota, inicialmente muito feliz com a ideia, acabe se sentindo envergonhada.

Sem saber o que fazer ou como se aproximar dela, Sasuke discute o problema com Sakura. Depois da conversa com sua esposa, ele coloca os conselhos recebidos em prática, tentando apenas aproveitar seu tempo com Sarada e demonstrar apoio aos objetivos dela. Os dois se entendem melhor, e terminam o dia com um jantar em família.

No anime, após notificar a Vila da Areia de que os Otsutsuki estavam em busca do Shukaku, Sasuke se juntou a Gaara e um time de ninjas da Areia no local onde o Uma Cauda estava. O Uchiha também enviou uma mensagem para a Vila da Folha, relatando que provavelmente estava próximo a Urashiki Otsutsuki.

Suas palavras se tornaram verdade, e os ninjas de fato encontraram o Otsutsuki, tendo que lutar contra ele e suas marionetes. Se enfrentando em uma batalha difícil e bastante nivelada, Sasuke foi surpreendido quando Boruto se juntou ao confronto, o que resultou em um momento de distração do qual Urashiki se aproveita.

Ao se lançar contra seu oponente, Sasuke é transportado para outra dimensão. Exausto, ele precisou aguardar até ter recuperado chakra o suficiente para retornar, conseguindo fazê-lo no momento exato para salvar Boruto e Shinki. Isso faz com que o inimigo recue, abandonando o confronto, e permite que o Uchiha leve os garotos para a Vila da Folha, onde eles recebem o devido tratamento após a batalha.

De volta à Vila, Sasuke acaba sendo enviado ao passado junto com Boruto quando os dois interferem com o plano de Urashiki de utilizar um artefato para voltar ao passado e roubar a Raposa de Nove Caudas de Naruto quando ele ainda era uma criança. Sem poder interferir muito com o passado para não afetarem os acontecimentos futuros, os dois fingem ser artistas que utilizam ninjutsu em suas apresentações.

Conforme eles encontram as versões passadas de outras pessoas, como Tsunade, Jiraiya, Naruto e Sakura, Boruto começa a questionar a ausência do próprio Sasuke, cuja versão mais jovem havia abandonado a Vila recentemente. O Uchiha se mostra envergonhado por seus erros, admitindo para seu pupilo que na época via aquele como o único caminho para seu objetivo de vingança.

O personagem também é forçado a presenciar coisas que não viu ao deixar a Vila, como a determinação de Naruto em salvá-lo mesmo após o confronto dos dois no Vale do Fim. Tudo isso faz com que ele se sinta ainda mais envergonhado, mas ele não deixa de encorajar o jovem Naruto a não desistir de seu amigo.

Em meio a isso, eles precisam defender o jinchuriki das tentativas de sequestro de Urashiki, fazendo com que ele recue mais uma vez. Quando o Otsutsuki retorna ainda mais poderoso, Sasuke tenta permitir que seus aliados escapem, algo que funciona apenas temporariamente. Com o inimigo atacando novamente, ele e Jiraiya se juntam a Naruto e Boruto, finalmente derrotando o vilão.

Depois disso, o Uchiha utilizou seu doujutsu para apagar as lembranças de todos sobre ele e Boruto. Eles então retornaram ao presente utilizando o mesmo poder que os trouxe ao passado, e Sasuke revelou todos os acontecimentos ao Hokage. Enquanto este último acreditava que seu amigo poderia permanecer na Vila da Folha já que os Otsutsuki haviam sido derrotados, Sasuke acreditava que esse não seria o fim dos problemas, algo que foi provado correto depois.

Depois de algum tempo, Boruto vai até Sasuke para falar sobre sua marca. Em seguida, o Uchiha interroga Shojoji juntamente com Sai, descobrindo mais sobre a organização vilanesca e a marca deixada em Boruto, que de acordo com o prisioneiro seria um pouco semelhante ao Selo Amaldiçoado de Orochimaru.

Descobrindo que a Kara estaria escondida na Vila da Chuva, Sasuke parte para investigar o local. Lá, ele percebe que a nação decaiu muito desde a Quarta Guerra Ninja. Eles também descobrem que a organização de fato estava no local, realizando experimentos biológicos em segredo.

Durante este arco, Boruto deseja melhorar seu Rasengan, o que o leva a ser treinado por Kakashi, já que ele não queria atrapalhar o trabalho de seu pai. Enquanto isso, Sasuke passa a treinar Sarada, para que ela passe a utilizar seu Sharingan de modo mais eficaz. Eventualmente, Sakura se junta aos dois, possibilitando que o treinamento conjunto torne Sarada ainda mais eficaz.

O treinamento de Sarada resulta na jovem ninja eventualmente vencendo uma difícil batalha e conseguindo a segunda vírgula de seu Sharingan. Assim, ele pede que Sasuke a ensine a usar o Chidori, ao que ele concorda com a permissão de Sakura. O treinamento, no entanto, é interrompido quando ele é enviado em uma missão, já que investigar o local iria requerer o uso de ninjutsu de espaço-tempo.

Lá, ele descobre mais sobre os Otsutsuki, e vê uma segunda Dez Caudas, da qual Jigen retira poder, se transformando brevemente no suposto parceiro de Kaguya. Percebendo a gravidade da situação, Sasuke decide voltar à Vila o quanto antes, visando informar o Hokage.

Naruto e o Uchiha batalham juntos contra o novo adversário quando ele ataca a Vila da Folha. Embora faça uma boa análise das habilidades de Jigen, Sasuke não consegue informar seu amigo a tempo, e os dois acabam derrotados, sendo quase mortos. Com a insistência de Naruto para que ele viva e consiga lutar contra o novo inimigo no futuro, Sasuke utiliza o restante de suas forças para se teleportar para Sakura, ficando inconsciente enquanto ela imediatamente começa a curá-lo.

O Hokage acaba sendo salvo pelo Time 7, que conta sobre a transformação de Boruto. Sasuke logo compreende a situação, entendendo que Momoshiki encontrou um meio de se preservar usando o garoto, assim como Isshiki fez com Kawaki.

No anime, Naruto decide retomar o Exame Chuunin após Isshiki ser derrotado. Com isso, Sasuke é procurado para aconselhar tanto sua filha, Sarada, quanto seu pupilo, Boruto, uma vez que ambos chegam às finais.

O ninja se preocupa em chegar à tempo para assistir à luta de sua filha nas finais, quando a garota enfrenta sua amiga, Chocho. Sarada fica feliz de ver o pai, que elogia sua performance. Depois do exame, uma vez que a garota é aprovada e assume o novo rank ninja, Sasuke se mostra orgulhoso pela conquista.

Em mais um arco do anime, Sasuke parte em busca de um novo falcão mensageiro, levando Boruto com ele enquanto busca um tipo raro da criatura, chamado de Senri. Ao chegarem no local onde o falcão seria encontrado, porém, eles são atacados pelo cuidados Maruta, que acredita que eles são parte do grupo chamado de Paraíso.

Por causa do interesse dos antagonistas na aves, Maruta não poderia levar Sasuke até o habitat dos animais, então o ninja decide investigar se passando por um civil. Apesar disso e de ser descoberto, Maruta acaba o levando até o local durante a noite, e lá ele explica que falcões Senri tem que escolher seus próprios mestres - se surpreendendo quando um escolhe Sasuke imediatamente.

A história, claro, não acaba por aí. De volta ao local de trabalho de Maruta, Boruto explica que um garoto chamado Tsuzura estava passando por uma situação difícil, com um taxidermista do Paraíso querendo ficar com seu falcão, Yuki. A dupla de ninjas então vai ajudar Tsuzura, e Sasuke oferece trocar seu próprio falcão pelo do garoto - mas usa seu Sharingan no animal secretamente antes de deixá-lo lá, dando instruções do que a ave deveria fazer após ele partir do local.

Com isso, o falcão de Sasuke liberta todos os outros animais mantidos presos no local. O ninja também leva Tsuzura até Maruta, para que ele se torne seu aprendiz, e instrui Boruto a retornar à Vila da Folha. Por conta própria, Sasuke se dedica a buscar o último integrante do círculo interno da Kara, Code.

Após outra investigação, Sasuke descobre um esconderijo do culto aos Otsutsuki no País da Neve. As evidências indicam que este seria o local onde Code estaria, junto de experimentos inumanos e poderosos ciborgues. De volta à Vila da Folha, o Uchiha confirma com Shikamaru a situação de Kawaki ter tecnicamente matado Boruto, além de ver como o garoto estava e concorda com Sarada que o filho de Naruto deveria ser protegido constantemente contra um possível ataque de Code. Da mesma forma, o cientista Amado deveria ser protegido por ser um possível alvo, já que poderia retirar os limites dos poderes do antagonista.

Se sentindo culpado por quebrar sua promessa de lidar com Momoshiki caso ele tomasse o controle de Boruto, Sasuke pede desculpas ao seu pupilo, que insiste que ele e Kawaki estavam de acordo quanto ao que deveria ser feito. Mesmo assim, Sasuke insiste que independente da necessidade da ação, quem "matasse" Boruto seria odiado, e muitos já não gostavam de Kawaki por suas origens.

Quando Code e Ada invadem a Vila, Sasuke é informado por Ino, e parte para ajudar ao lado de Boruto. Eles chegam ao laboratório de Amado, que havia sido isolado para impedir que mais pessoas fossem afetadas pelo controle de Ada. Depois de os antagonistas partirem levando o cientista, Shikamaru explica as habilidades da garota a todos.

O Time 7 então recebe uma missão, que Naruto explica a Sasuke ser um meio de sutilmente controlar Boruto e Kawaki para que a dupla fosse mais cautelosa por causa da missão. Quando Kawaki decide acabar com todos que poderiam ser uma ameaça por causa dos Otsutsuki, incluindo Boruto, ele acaba cercado pelos ninjas de Konoha, incluindo Sasuke - mas o garoto consegue escapar graças a Momoshiki tomar o controle de Boruto novamente, o que deixa o Uchiha intrigado quanto ao motivo que o Otsutsuki teria para ajudar alguém que queria matá-lo.

Depois, Sasuke acaba se juntando ao grupo que busca por Kawaki - mas é afetado pelo flash de luz que troca as memórias da maior parte do mundo quanto às ações de Kawaki e Boruto, fazendo com que todos acreditem que o Uzumaki matou seu próprio pai.

Sarada, uma das poucas não afetadas, implora que o pai acredite na inocência de Boruto, e a situação acaba despertando o Mangekyo Sharingan da garota, o que surpreende Sasuke. Ele acaba resgatando Boruto, que conta ao ninja suas memórias de Kawaki e aponta as inconsistências entre a história que todos acreditam e a realidade, como o fato de Momoshiki estar dentro dele próprio, e não de Kawaki.

Sem poder confiar nas próprias memórias, Sasuke decide confiar em Sarada. Os dois acabam partindo juntos, sabendo que a Vila da Folha continuaria a persegui-los por causa das supostas ações de Boruto.

Por ajudar Boruto a escapar, Sasuke volta a ser considerado um criminoso, e precisa voltar a se esconder. Ele continua treinando o Uzumaki, e após cerca de um ano, ensina quase tudo que poderia ao garoto.

Pouco depois, a dupla é atacada por Code. Para salvar seu pupilo, Sasuke se sacrifica, o defendendo dos ataques do antagonista e seus ajudantes. No processo, ele tira o olho esquerdo de Code, mas acaba sendo mordido por um dos Grimes que o acompanham e que estava se transformando em uma árvore. Assim, Sasuke fica preso à árvore, embora Boruto tenha voltado para visitá-lo posteriormente.