Durante o crossover de vários títulos mutantes publicado no início dos anos 90, Cameron Hodge, um voraz anti-mutante que já havia trabalhado com a equipe - e tinha sido decepado pelo Anjo, mas logo depois voltou à vida como um terrível ciborgue, graças a um pacto com um demônio que lhe conferira imortalidade - influencia o governo de Genosha a perseguir mutantes, e com isso, eles invadem os EUA, sequestram membros dos Novos Mutantes e os levam para a ilha, onde mutantes tem sido transformados em mutóides, escravos dementes sem memória e cujo único propósito é servir.

Não demora até que as equipes mutantes tentem intervir, porém, em Genosha, tanto os X-Men quanto o X-Factor é aprisionado, de modo que só resta a ajuda de alguns membros livres - como Jubileu, Rictor e Dinamite - antes que todos seus amigos sejam transformados em mutóides. Essa fase representou uma era sombria para os X-Men, e deixou consequências drásticas na vida de alguns mutantes, em especial, Lupina, que devido ao processo de transformação em mutóide - porém, sem a mesma reversibilidade que foi conferida à Tempestade, que também fora transformada -, se tornou mais agressiva e menos humanizada.

Dois eventos publicados em sequência, o Massacre e a Queda dos mutantes representaram duas eras de peso nas revistas dos X-Men, que ganharam todo um ar mais sangrento e violento, mas também exploraram de modo cruel a violência sofrida pelos mutantes. Tudo começa quando os Carrascos do Senhor Sinistro invadem o lado subterrâneo de Nova York e começam uma caçada para assassinar os Morlocks. No evento, os X-Men são diretamente influenciados pelos acontecimentos, uma vez que o Anjo tem suas asas dilaceradas - o que o leva a se tornar Morte, o cavaleiro do Apocalipse - e somos expostos à traição de Gambit.

Já A Queda, que veio logo em sequência, inserindo elementos que seriam utilizados ao longo de séries seguintes, como Dias de um Futuro Esquecido, traz três histórias paralelas das três principais equipes mutantes - os X-Men, o X-Factor e os Novos Mutantes -, onde vimos os três sendo perseguidos e atacados de formas distintas.

Com o passar dos anos, o respeito mútuo entre Ciclope e Wolverine foi se tornando cada vez mais desequilibrado e instável. Se, durante alguns momentos, Wolverine era leal ao seu líder, e conseguia ver lógica por trás dos planos de Ciclope, ele também já se recusou a seguir certas ordens, o que quase sempre deixou Scott Summers enfurecido. Porém, tudo levou a esse momento, que foi marcado pela separação dos X-Men e a criação de dois grupos distintos que até recentemente não tinham um diálogo muito amigável.

Tudo aconteceu quando, ao sofrer um ataque de Sentinelas na ilha de Utopia, Ciclope decide colocar jovens mutantes na linha de frente para defender a Ilha e destroçar um Super-Sentinela. Contudo, Wolverine se opõe à ideia, e acaba brigando com Ciclope. Os dois entram em um combate sanguinário ao mesmo tempo que enfrentam o Super-Sentinela, até que resolvem fazer uma breve trégua até seu inimigo ser derrotado. Uma vez que isso acontece, os dois seguem caminhos separados, e juntam suas próprias equipes.

Quando a Bomba de Terrígeno foi detonada por Raio Negro, durante a série Infinito, e criando uma variada gama de Inumanos no Planeta Terra, ninguém suspeitou das consequências que ela poderia trazer aos mutantes. Ninguém se perguntou sobre qual seria a reação que ela poderia produzir ao entrar em contato com a fisiologia dos Filhos do Átomo, e se seria algo positivo ou negativo. E pelo que podemos ver atualmente, não é nada otimista.

As Névoas Terrígenas provocaram no mutante uma doença até então incurável, conhecida como Varíola-M, que tem esterilizado os poderes mutantes e, depois de sua aparição, foi responsável por uma taxa nula de nascimentos mutantes. É melhor os X-Men se preparem, porque outro período difícil paira no horizonte.

Não importa qual seja a linha temporal, parece que os X-Men jamais terão um final feliz, pois todos os futuros possíveis mascaram apenas dor e sofrimento para a espécie mutante. Seja em Dias de um Futuro Esquecido, seja no futuro pós-Apocalíptico (literalmente) de Cable, ou então no futuro Sublime planejado por Grant Morrison em seu arco, ou até mesmo no futuro mais recente mostrado em Batalha do Átomo, sempre veremos um aumento da histeria anti-mutante e mortes de todos os lados.

A prova viva disso é um número cada vez mais crescente de heróis e vilões viajando no tempo para impedir que seu futuro acabe se concretizando, dos quais podemos citar como exemplo Cable, Bishop e Rachel Grey, dentre muitos outros.

Durante quase dez anos, o maior inimigo da vida mutante não foi Apocalipse. Nem Magneto. Nem o Senhor Sinistro, ou a Mística, ou a Irmandade dos Mutantes, ou os Sentinelas, ou o preconceito da humanidade. Nem foi Sauron, ou Madelyne Pryor, e nem mesmo o Alto Evolucionário. Não, o maior inimigo dos mutantes foi um vírus.

Liberado pelo clone terrorista de Cable, Conflyto, o Vírus Legado foi responsável por dizimar grande parte da vida mutante na Terra. Illyana Rasputin, Mestre Mental, Pyro e muitos outros mutantes sucumbiram à ameaça da patologia. Até mesmo em seu fim, para encontrar a cura, o mutante Colossus teve de se sacrificar para poder encerrar a contagem de cadáveres.

Um dos maiores eventos de quadrinhos de todos os tempos - e possivelmente até hoje a melhor saga dos X-Men -, a Saga da Fênix Negra representou um dos primeiros momentos trágicos na vida dos mutantes, levando a um amadurecimento ainda maior nas histórias da equipe. Seu escopo e alcance pode não ter sido tão grande quanto o Massacre dos Mutantes ou o Vírus Legado, mas seu impacto continua a ressonar na história dos X-Men até hoje.

Depois de ser completamente possuída pela entidade alienígena conhecida como Fênix, Jean Grey perde completamente o controle, e como resultado, destrói um sistema solar inteiro, assassinando trilhões de vidas. Isso faz com que os Shi'ar a indiciem e a julguem como culpada. E durante sua última tentativa de se provar inocente, ela percebe que a Fênix está ainda mais sedenta, e que só uma maneira pode salvar a seus colegas mutantes. E ali, em um último momento de lucidez, Jean Grey resolve se suicidar.

Mais temíveis que qualquer outra praga na história da vida mutante, os Sentinelas foram criados única e exclusivamente para caçar, prender e assassinar mutantes considerados "perigosos demais" - ou seja, todo mundo. Eventualmente, essas criaturas acabariam se voltando contra os seres humanos, e inclusive tentando superá-los. Contudo, é na vida dos mutantes que seu impacto realmente se fez sentir notável.

Graças aos Sentinelas, membros anti-mutantes sempre tentaram caçar os X-Men e outras pessoas que possuíam a mutação no Gene X, de modo que grandes eventos foram influenciados pelo surgimento de Sentinelas e suas versões mais aprimoradas, como os Nimrods. Apesar de terem representado pouca ameaça nas primeiras aparições, os robôs anti-mutantes foram responsáveis por uma incontável soma de mortos ao longo de sua história.

Vingadores vs X-Men é uma saga que impressiona mais pelas suas consequências do que pela história em si. E um de seus mais importantes desenrolares tem a ver com a Fênix e o ódio anti-mutante. Situada logo após o Cisma, o evento tem como mote o retorno da Fênix ao Planeta Terra, de modo que os X-Men liderados por Ciclope acabam entrando em um conflito com os Vingadores, para provar que a entidade alienígena é necessária para a vida mutante.

No meio do conflito, Tony Stark "quebra" a Fênix em cinco "pedaços" diferentes, cada qual sendo incorporado a um dos cinco mutantes - Magia, Colossus, Namor, Emma Frost e Ciclope. De início, eles usam seus poderes para criar uma utopia mundial, mas logo surgem os delírios de grandeza, e com isso, os Vingadores devem interceder novamente, e tentar pará-los a todo custo. O resultado final é o poder total da Fênix concentrado nas mãos de Ciclope, que uma vez ensandecido, acaba assassinando seu antigo mentor, Charles Xavier, desencadeando uma nova onda de histeria anti-mutante e perseguição por todos os lados. Novamente, as equipes devem voltar ao sigilo, e os mutantes precisam esconder para sua própria proteção.

Em um evento que vinha sendo construído a longo prazo, desde a época em que a Feiticeira Escarlate perdeu seus filhos, seguido pela Queda dos Vingadores, víamos o início do que seria a Era das Trevas para os mutantes. Uma vez ensandecida - e influenciada por alguém de sua família -, Wanda Maximoff cria uma realidade onde sua família é dominante, até que todos os outros personagens começam a lembrar de sua vida anterior, e a mentira se desfaz.

Então, Wanda tem um confronto com Magneto, que ela achava que era seu pai, na época, e sendo controlada pelo Doutor Destino - como revelado posteriormente -, ela faz o impensável, trazendo uma era de caos para a Terra e para os mutantes.

"Chega de Mutantes"

Em um momento crucial para a história do Universo Marvel na década passada, a Feiticeira Escarlate, com apenas três palavras, simplesmente dizima a população mutante da Terra, deixando apenas 198 mutantes. Obviamente que isso seria modificado após o surgimento da mutante Esperança, mas ainda assim, foram tempos difíceis para os Filhos do Átomo.