Kimimaro foi um dos últimos inimigos de Naruto Clássico e estava disposto a qualquer coisa para agradar Orochimaru, já que seu corpo não poderia ser usado pelo vilão. O ninja tem uma Kekkei Genkai que permite que ele utilize todos os ossos do seu corpo para atacar seus inimigos. Seja transformando eles em armas, ou então em espinhos pelo seu corpo.

Gaara e Rock Lee enfrentaram o vilão, e do ninja da areia ser considerado um dos mais fortes entre os jovens, eles não foram o bastante para derrotá-lo. A luta só foi encerrada já que Kimimaro sofria de uma doença sem cura e que no meio do confronto se agravou levando sua vida.

Kaguya é a vilã final de Naruto Shippuden, sendo o último confronto do time 7 trabalhando junto para dar fim a Quarta Grande Guerra Ninja. Sendo uma Otsutsuki, a personagem tem uma gama gigantesca de poderes, desde Rinne Sharingan e todas as suas funcionalidades além de ser capaz de viajar entre dimensões.

Seu plano era prender todos no Tsukuyomi Infinito dando energia a Árvore Divina e assim poderia instaurar a vida no planeta da forma que quisesse. Naruto e Sasuke mesmo utilizando o chakra do Eremita dos Seis Caminhos, não conseguiram derrotá-la por completo, somente a selando novamente na esperança que não retorne.

Obito, personagem que muitos de Konoha acreditava que estava morto, foi responsável pelo grande ataque da Raposa de Nove Caudas na vila, que resultou na morte de Minato, o Quarto Hokage e também pai de Naruto. Além do acontecimento de antes do anime, o vilão esteve o tempo todo arquitetando seu plano disfarçado como Tobi.

Obito manipulou Nagato fazendo com que ele acreditasse que ele era Madara Uchiha e que reunir as Bestas de Caudas criaria uma arma que faria todos no mundo conhecerem a dor. Durante a Quarta Grande Guerra ele foi capaz de controlar o poder das Bestas de Caudas, sendo um dos principais inimigos dos ninjas.

Hidan é o membro da Akatsuki que foi responsável por matar Asuma em Naruto Shippuden. Além de ter sido um inimigo formidável para Shikamaru e os outros ninjas da aldeia da Folha. Seu grande poder é o fato de ser imortal, então não importa se ele tem alguns cortes ou até mesmo a perda de alguns membros, ele continuará pronto para o combate.

O que o torna mais perigoso ainda é que o vilão não se importa com os outros, então está disposto a assassinar qualquer um para cumprir seus objetivos. Para derrotá-lo Shikamaru precisou de um grande plano que envolvia desmembrá-lo por completo, então enterrar seus pedaços em lugares diferentes.

Deidara faz parte da Akatsuki, mas não é um dos mais poderosos do grupo. Apesar disso, seu poder de criar bombas com a argila especial de sua boca misteriosa na mão, o torna extremamente perigoso. O vilão foi capaz de capturar Gaara sozinho depois de um grande confronto na vila da Areia.

Mas além do seu poder, o que o torna extremamente perigoso é seu temperamento. O vilão está disposto a tudo para cumprir seu objetivo. Durante a luta contra Sasuke, Deidara estava disposto a morrer para derrotar o Uchiha, então se explode, com uma bomba de alcance de mais de 10 Quilômetros somente para que seu adversário também não vença.

Madara foi conhecido como um dos ninjas mais poderosos do mundo de Naruto. Apesar de viver enquanto o primeiro Hokage era vivo, o personagem é trazido de volta a vida e é um dos principais responsáveis pela Quarta Grande Guerra Ninja, que resultou na morte de alguns aliados do ninja da folha, como Neji Hyuga.

Madara é capaz de qualquer coisa para atingir seu objetivo de prender todas as pessoas em seu Tsukuyomi Infinito, isso inclui matar quem estiver no seu caminho. Com seu poder ele foi capaz de vencer os cinco Kages durante a guerra e ainda ter força o suficiente para enfrentar Naruto e Sasuke.

Kabuto foi introduzido logo no início de Naruto, durante o exame Chunnin e logo depois é revelado que ele trabalha para Orochimaru. O ninja tem grandes habilidades de espionagem já trabalhando para diversos países e organização antes de se juntar ao vilão. Além disso, ele tem muito conhecimento médico, utilizando para ajudar Orochimaru, mas também para combate, o tornando um oponente formidável.

Durante Naruto Shippuden o ninja forma uma aliança com Tobi após reviver diversos membros da Akatsuki e também Madara Uchiha. Junto dos poderes de Orochimaru, o vilão oferece grande perigo durante a Quarta Grande Guerra Ninja, sendo derrotado por Sasuke e Itachi.

Com o avançar da história de Naruto, Orochimaru foi perdendo seu papel como um grande vilão e atualmente nem é considerado um mais. Mas principalmente durante o anime clássico, o personagem além de ter um visual desconfortante, foi responsável pela maior parte dos problemas do protagonista.

Começando com as diversas tentativas de trazer Sasuke para seu lado em sua busca pelo Sharingan, que eventualmente resulta no Uchiha fugindo de Konoha. Além disso, ele é o responsável pela morte do terceiro Hokage, se disfarçando como Kazekage durante o exame Chunnin para entrar facilmente na vila.

Pain é o líder da Akatsuki e um dos vilões mais memoráveis de Naruto. Sendo o líder do grupo de inimigos ele é o principal responsável pela busca das Bestas de Caudas que resultou na quase morte de Gaara e vários outros problemas do herói e seus aliados. Além de coordenar os planos de Akatsuki, Pain é um perigo devido a sua extrema força, capaz de derrotar até mesmo Jiraya, um dos três Sannins Lendários.

Sendo o primeiro personagem a utilizar o Rinnegan, Pain conseguiu facilmente devastar Konoha com um único golpe e foi um dos inimigos mais perigosos que o protagonista e seus amigos enfrentaram. Após derrotar alguns ninjas de Konoha como Kakashi, Naruto conseguiu com muito esforço derrotar o inimigo.

Danzo não é um dos vilões mais queridos pelos fãs de Naruto, mas certamente é um dos mais perigosos. Ele era um dos anciãos de Konoha e tinha um poder de influência grande na vila. Ele fundou a Root, uma divisão própria da Anbu que seguia todas as suas ordens.

Durante os anos Danzo foi responsável por diversas ações suspeitas, que lhe deram o apelido de Trevas dos Shinobis. Entre seus atos, estão roubar o olho de Shisui devido a sua habilidade, o Kotoamatsukami, capaz de manipular as memórias do alvo sem que ele saiba. Após isso, dá a Itachi a escolha de matar seu próprio clã, deixando seu irmão Sasuke vivo, ou deixar o golpe dos Uchiha acontecer, resultando na morte de todos.