O Exame Chunnin é a primeira vez que podemos ver muitos dos outros colegas de Naruto em ação, já que as crianças precisam se enfrentar para avançar e poder se tornar um chunnin. Entre os diversos confrontos, Tenten que faz parte do time de Neji e Rock Lee precisa enfrentar Temari, a irmã de Kankuro e Gaara.

Só que o anime decide que mostrar uma discussão entre a Sakura e a Ino é mais importante do que a batalha. Com isso, o confronto é levemente reduzido, terminando rapidamente com a vitória de Temari, sem podermos ver o combate por inteiro.

A Quarta Grande Guerra Ninja é o arco final de Naruto Shippuden e com ele vários personagens morrem, sendo uma enorme perda para o mundo ninja. No mangá, quando os heróis retornam para Konoha, acontece um enterro para Neji para se despedir do personagem.

No anime o funeral é estendido e não é somente para Neji e sim para todos os que morreram durante a guerra. Essa foi uma forma para mostrar que todos os que se foram eram importantes e deram mais peso ao grande evento que finaliza o anime.

Flashbacks são um recurso utilizado pela maior parte dos animes Shonen, principalmente em momentos de tensão, como lutas importantes do arco da obra. Em Naruto não é diferente, constantemente entre os confrontos podemos ver a triste história do vilão que o protagonista está enfrentando.

Mas o anime exagera nos flashbacks. Um exemplo disso é a história de Itachi matando o clã Uchiha. Na luta de Naruto contra Sasuke, que fecha o anime clássico, conhecemos a história do garoto e o fim dos Uchiha. No anime, esse momento é reprisado quando Sasuke enfrenta seu irmão, com uma leve alteração que não é mostrado no mangá - além de ser referenciado várias outras vezes, como quando Obito conta uma nova versão do que correu a Sasuke.

A batalha final entre Naruto e Sasuke é uma das melhores, senão o melhor momento do arco final do anime. O confronto é perfeitamente animado e envolve tudo, desde os golpes mais poderosos de cada personagem, até uma troca de socos empolgante.

Mas o anime vai além e adiciona ainda mais ao confronto, seja por mostrar mais detalhadamente o impacto de alguns ataques, como a primeira bola de fogo que Sasuke utiliza que foi capaz de quebrar o chão em volta de Naruto, ou então adicionar mais cenas do Uchiha criança, entregando ainda mais o peso dramático do momento.

Sakura sempre foi uma personagem que ficava à sombra de Sasuke e Naruto, apesar do fim do clássico colocá-la treinando com a Tsunade com o objetivo de se tornar mais forte. Com exceção do primeiro arco de Naruto Shippuden, a personagem não consegue mostrar seu poder no mangá, sendo constantemente resgatada.

No anime, durante o ataque da Dez Caudas, o anime decide dar um pouco de espaço para a garota com ela salvando algumas pessoas da criatura. Ainda não é o bastante para que ela esteja em pé de igual com o resto do Time 7, mas é mais do que o mangá se propõe a fazer.

Fillers são sempre uma alternativa para que o anime tome distância do mangá, mas o estúdio Pierrot, responsável por Naruto, também utilizava uma outra tática para se distanciar do material base. É normal que as lutas, principalmente de Naruto Shippuden, fossem bem mais extensas do que no mangá.

Isso acontece por diversos fatores diferentes, seja por estender o tempo que os personagens ficam trocando socos e suas habilidades, o que muitas vezes é interessante já que é possível ver uma variedade maior de ataques. Mas em outros momentos existe uma repetição de flashback de personagens, ou então pequenos trechos de conversas anteriores fazendo um confronto de 2 episódios durar o dobro.

Sangue é algo que foi sendo reduzido com o passar dos anos em alguns animes, e atualmente não existem mais os momentos sangrentos de Dragon Ball, por exemplo. Naruto também passou por uma redução bem drástica em sua violência para que fosse aceitável passar na televisão.

Com isso, o mangá acabou ficando mais violento em relação ao anime. Um dos principais exemplos é o Caixão de Areia de Gaara, que quando é utilizado no mangá, vemos sangue espirrando para fora da areia, algo que nunca acontece no anime.

Um dos personagens que ganhou o público durante o Naruto Clássico, foi Gaara. Ele começa como um vilão e depois de enfrentar o protagonista acaba se tornando um grande aliado do herói, aparecendo para ajudar na busca de Sasuke.

Mas, no mangá, o personagem era muito mais violento. A maior parte dos momentos brutais do ninja da aldeia da Areia foi cortado já que o anime buscava algo mais ameno em termos de violência. Isso pode ter ajudado Gaara a conquistar o público, já que as piores atrocidades dele só estão no mangá.

Sasuke passa grande parte do anime buscando se tornar mais forte e treinado para matar seu irmão, que foi responsável por acabar com o clã Uchiha. Em Naruto Shippuden os dois enfim lutam, resultando na morte de Itachi. Entre os diversos ataques que Sasuke utiliza em seu irmão está Kirin, um gigantesco golpe elétrico que foi capaz de quebrar o Susanoo de seu oponente.

Acontece que o nome Kirin só aparece no anime. No mangá Sasuke ainda utiliza o golpe, mas ele não grita o nome do ataque como é comum na obra. Na transição para a animação, acharam que faria sentido ter um nome - com o golpe sendo então chamado de Kirin.

Hinata é uma personagem que não tem tanto destaque em Naruto, mas no anime ela acaba ganhando um pouco mais devido aos fillers, muitos dos quais colocam os heróis interagindo mais com as outras equipes, incluindo a dela. Com isso, no momento que ela se declara para o protagonista, durante o ataque de Pain à Konoha ela acaba sendo melhor que no mangá.

No mangá, o momento é bem rápido e ela logo sai de cena. No anime, após a confissão ela consegue se defender contra Pain e até mesmo acertar golpes no vilão, mesmo que não faça tanto efeito, torna o momento mais cinematográfico e mostrando que ela tem mais poder do que aparenta.