A procura por Tsunade começa logo após a morte do Terceiro Hokage e coloca Naruto acompanhando Jiraya em busca da Sanin, para que se torne a nova Hokage da vila. O arco traz alguns ótimos momentos como o primeiro encontro de Sasuke com Itachi após o extermínio do clã Uchiha.

Mas o grande problema do arco é seu ritmo arrastado. Naruto e Jiraya passam um bom tempo procurando Tsunade sem sucesso. Quando finalmente encontram a personagem o arco chega em um bom ritmo e faz uma boa introdução para a Sannin, mas ainda assim é considerado por muitos uns dos arcos menos queridos do anime clássico.

O arco do Pain reúne alguns dos momentos mais impactantes da obra. Começando com a morte de Jiraya, que é considerado até hoje um dos momentos mais tristes dos animes e tudo se torna ainda mais comovente quando Naruto descobre sobre o trágico fim de seu mentor.

O grande clímax do arco tem Pain atacando Konoha, devastando o local, matando diversos habitantes da vila. Naruto tem uma grande batalha contra o vilão, chegando a liberar quase todas as caudas da Raposa, mas tem algumas visões com Minato, o quarto Hokage, que revela ser seu pai e impede o garoto de quebrar o selo que prende a Besta. Depois da vitória, podemos ver Naruto sendo aclamado por toda a vila, se tornando o herói que sempre quis ser.

A Reunião dos Cinco Kages acontece após os eventos contra Pain e introduz os líderes de outras vilas. A reunião é invadida por Sasuke que é logo depois por Tobi, que afirma ser Madara e declara o início da Quarta Grande Guerra Ninja.

O arco é encerrado com a batalha de Sasuke contra Danzo, que não é um personagem muito querido pelos fãs de Naruto. O problema do arco é o mesmo de toda a reta final de Naruto Shippuden, que acaba sendo arrastado e durante bem mais do que deveria, além de ser encerrado com uma batalha extremamente decepcionante.

A Missão de Resgate ao Kazekage é o primeiro arco de Naruto Shippuden e começa com Naruto, Sakura e Kakashi se reunindo, enquanto Gaara, que agora é o Kazekage, enfrenta Deidara, um dos membros da Akatsuki. O trio do protagonista então parte para a vila da areia para ajudar no resgate de seu antigo aliado.

O que torna o arco bom é o fato de que Sakura acaba recebendo mais destaque, principalmente com sua relação com Chiyo, personagem importante na missão de resgate. Por fim, a garota enfrenta Sasori, o grande vilão do arco junto de Chiyo, na melhor luta que a personagem teve no anime.

O Reconhecimento da Ponte Tenchi é o um pequeno arco que ocorre após Naruto e seus aliados derrotarem Sasori. Nele somos introduzidos a Sai e Yamato e vemos o protagonista se encontrar pela primeira vez com Orochimaru, após a saída de Sasuke da vila.

Nesse arco vemos Naruto liberando 4 caudas da Raposa e tomando uma forma que ainda não tinha sido mostrada, em uma batalha que chamou a atenção, principalmente por mostrar mais do poder da Kyuubi. Mas o arco em si acaba ficando esquecido, sem ter muito a se destacar.

Esse arco talvez seja um dos pontos mais altos de Naruto Shippuden. Ele começa com a introdução de dois membros de Akatsuki, Hidan e Kakuzu e a morte de Asuma, mentor de Shikamaru, Choji e Ino.

Após a morte temos um grande destaque para Shikamaru que está tentando superar a perda de seu professor e tenta criar um plano para enfrentar Hidan, que aparenta ser imortal. Enquanto isso, Naruto está tentando criar um novo jutsu, o Rasenshuriken, que é utilizado para derrotar Kakuzu.

O desenvolvimento que Shikamaru passa durante esse arco é um dos melhores da obra e sua batalha contra Hidan não só é visualmente impressionante, como tem um grande peso dramático na obra.

O arco da Missão de Perseguição ao Itachi culmina na batalha dele contra Sasuke que é querida pelos fãs por ser visualmente impressionante e o peso narrativo dela. Mas a chegada até lá não é das melhores, principalmente o início desse arco, após Sasuke sair do esconderijo de Orochimaru.

O Uchiha vai atrás de aliados para acompanhar sua busca por Itachi e formar o Taka com Suigetsu, Karin e Juugo. Os episódios para encontrar esses personagens são facilmente esquecíveis e não fazem um bom trabalho em introduzir esses novos personagens, principalmente Karin.

Esse é o arco que finaliza a era clássica de Naruto e começa com Sasuke tentando ir embora da Vila da Folha junto dos Quarteto do Som. Como Konoha ainda está se recuperando do ataque de Orochimaru, Tsunade pede para que Shikamaru reúna alguns Genin para irem atrás do Uchiha.

Então a equipe é formada por Shikamaru, Choji, Neji, Kiba e Naruto. Esse é um momento onde personagens de menos destaque acabam ganhando ainda mais construção e cada um deles tem uma batalha incrível contra os ninjas do som. Além disso, temos Lee e Gaara lutando juntos e a batalha de Naruto contra Sasuke que encerra o arco.

A Quarta Grande Guerra Ninja é o grande arco que encerra Naruto Shippuden. Ele é um arco que tem seus momentos, como a aparição de Madara e diversas batalhas com personagens que foram revividos pelo Edo Tensei, como Asuma e Itachi.

Mas apesar dos bons momentos o resultado final é negativo, o arco é extremamente arrastado e quando vai chegando em sua conclusão traz algumas reviravoltas que só servem para estender ainda mais a obra. Para finalizar, surge o última vilã da obra, Kaguya que é uma personagem desinteressante e uma batalha que não chama a atenção.

Existem algumas pessoas que defendem até hoje que o Exame Chunnin é o melhor arco de Naruto. Depois de já ter se familiarizado com o grupo de Naruto, Sasuke e Sakura no confronto contra Zabuza, chega a hora de conhecer os outros grupos de adolescentes da vila da folha.

O exame é dividido em três etapas diferentes, a primeira é uma prova escrita, depois os garotos precisam entrar em uma floresta perigosa para coletar alguns pergaminhos e por fim lutas de 1 contra 1. Cada uma dessas serve para introduzir novos personagens e suas habilidades, com algumas lutas aclamadas até hoje como Rock Lee contra Gaara. Além disso, conhecemos Orochimaru que será extremamente importante em todo o anime. O arco consegue fazer ótimas introduções de personagem junto de batalhas incríveis.