Logo no começo do filme, acontece uma mudança que, além de não ser necessária, vai diretamente contra as regras deste universo. Enquanto está na casa de seus tios durante as férias, Harry usa o feitiço Lumos Maxima para ler, algo que acontece repetidas vezes, já que ele o apaga e reinicia sempre que Valter Dursley aparece suspeitando de algo.

Isso é errado porque, de acordo com o que é estabelecido sobre o universo, a proibição aos alunos de usar magia fora de Hogwarts é bastante estrita. Por mais inofensivo que o feitiço seja, o protagonista teria que receber pelo menos uma advertência, algo que nunca ocorre.

A rivalidade entre o herói da série e Draco Malfoy permanece viva durante o terceiro ano escolar dos dois. Isso faz com que o sonserino logo coloque em prática um plano para não só assustar seu "inimigo", como também para zombar de seu medo dos dementadores.

Enquanto isso acontece no filme de modo breve, com Malfoy e seus amigos colocando os capuzes e rindo de Harry, no livro o momento é mais elaborado. Os três realmente se disfarçam como um dementador, atacando o protagonista durante uma partida de quadribol.

O resultado acaba sendo bem pior para os sonserinos. Reagindo imediatamente, Harry utiliza um patrono, que apesar de muito fraco para combater um dementador real, é forte o bastante para jogar os garotos no chão.

Em uma das visitas a Hogsmeade, Harry segue seus amigos usando a capa da invisibilidade. Durante o passeio, ele atira bolas de neve em Draco, se divertindo às custas do rival. Diferente dos filmes, no entanto, a capa escorrega brevemente, permitindo que Malfoy veja o rosto de seu rival.

Como resultado, os dois correm de volta para o castelo, com Harry tentando chegar primeiro para evitar ser pego em um passeio que não tinha permissão para fazer. Quem ajuda o protagonista na versão original é o Professor Lupin, aparecendo no momento exato para salvar o garoto.

Sirius Black é um dos personagens mais queridos da franquia, bem como um personagem apresentado no terceiro ano de Harry. Boa parte do drama apresentado gira ao redor da ideia de que Sirius traiu os Potter e isso resultou na morte dos dois e sua prisão.

Ainda assim, certas partes da história do personagem foram omitidas. Entre elas, sua fuga da prisão se destaca, já que no filme nunca é explicado como ele conseguiu se libertar. Nos livros, é contado que ele utilizou sua forma de animago para escapar, já que os dementadores não sentem animais da mesma forma que sentem humanos.

Outro ponto relacionado a Sirius e Lupin acontece por causa do passado dos Marotos, e sua amizade com James Potter. É no terceiro livro que mais sobre o grupinho começa a ser contado, já que três dos quatro amigos se reencontram na trama.

No filme, pouco do passado deles é revelado. Assim, embora Lupin conte que eles fizeram o Mapa do Maroto, não é explicada a origem dos apelidos de cada um, nem que eles se tornaram animagos para acompanhar seu amigo lobisomem. Também não é contando em detalhe que eles utilizavam a Casa dos Gritos durante as transformações de Lupin, ponto importante não só na relação dos amigos, como também por causa de Severo Snape, que já se colocou em risco ao tentar segui-los para descobrir o segredo de seus inimigos de escola.

No terceiro filme, o quadribol tem um papel um pouco menor em comparação com as duas primeiras produções anteriores. A única partida mostrada é um jogo da Grifinória contra a Lufa-Lufa, sem o restante da competição aparecer na trama.

Nos livros, este é um ano particularmente notável por ser o único que mostra Harry sendo campeão. Isso porque, nos próximos filmes, o feito não pode ser repetido: no quarto ano não há quadribol, no quinto a vassoura do protagonista é confiscada, no sexto ele passa boa parte do tempo em detenção e no sétimo ele não está na escola, já que precisa encontrar as Horcruxes. Além disso, nos anteriores, Harry não participa da última partida por estar no hospital, e no segundo o quadribol é suspenso por conta dos ataques enquanto a Câmara Secreta está aberta.

Enquanto o assunto é quadribol, vale notar as diferenças entre o livro e o filme em relação à nova vassoura de Harry - a Firebolt. Considerada a melhor vassoura de sua geração, o herói ganha uma de presente, enviada a ele misteriosamente após a destruição de sua Nimbus 2000. Isso leva a Professora McGonagall a fazer diversos testes no objeto, para garantir que ele não estivesse amaldiçoado de alguma forma.

Como resultado, Harry só pode usar sua nova vassoura depois de algum tempo. A identidade de quem mandou o presente para ele é revelada somente no fim do livro, quando é contado que o objeto é um presente de Sirius.

No filme, Harry ganha a vassoura apenas na última cena, já sabendo que é um presente de seu padrinho.

Quando a verdade começa a ser revelada na Casa dos Gritos, Snape aparece para aproveitar a oportunidade de fazer seus antigos inimigos sofrerem. Determinado a levar Sirius para os dementadores, no filme ele é parado por Harry, que ataca o professor, fazendo com que Hermione manifeste seu choque.

No livro, porém, o trio inteiro ataca de uma vez. É a força combinada dos feitiços de Harry, Rony e Hermione que derruba Snape, o deixando desacordado.

Viagem no tempo é um elemento importante da resolução de Harry Potter e o Prisioneiro de Azkaban. Ainda assim, o modo como as coisas acontecem nas duas versões da história é um tanto diferente, mesmo que as regras de não interagir com versões do passado permaneça igual.

No filme, Harry e Hermione interagem brevemente com seus eus do passado. A garota precisa jogar uma pedra no trio quando eles estão do lado de fora da cabana de Hagrid, para apenas então os jovens deixarem o local. O comentário sobre a aparência de seu cabelo, que acontece também nessa cena, é outra novidade, já que nada disso acontece nos livros.

Na versão literária, a dupla segue as regras estabelecidas. O plano deles de salvar Sirius é bem sucedido por conta disso, ainda que certas adaptações sejam feitas ao longo do caminho.

Ao aprender a fazer um Patrono, Harry é instruído a pensar em sua lembrança mais feliz. Essa lembrança acabou divergindo no material original e na adaptação, com o protagonista dando uma explicação diferente em cada um.

No filme, o herói consegue realizar o feitiço em sua segunda tentativa. Questionado sobre a memória que utilizou, ele conta ter pensado em seus pais -- apesar de não se lembrar exatamente de nada além de seus rostos falando com ele.

No livro, a memória escolhida é mais recente: Harry pensa em quando descobriu ser um bruxo, podendo finalmente sair da casa de seus tios. Nessa versão, é a terceira tentativa que dá certo, e não a segunda.