Pokémon: No anime, os Pokémon são criaturas que se desenvolveram ao longo das eras e acabaram sendo domesticadas pelos humanos. São, basicamente, os animais do universo da série.

Digimon: Digimon são monstros formados por dados coletados da internet. Como são criados de forma aleatória podem assumir características de diferentes animais, plantas, veículos ou objetos.

Pokémon: Não há muitas informações sobre o universo da série. Existem locais que remetem a localidades reais, embora a maioria das cidades seja fictícia. Especula-se que seja um universo alternativo à nossa realidade. Outros ainda dizem que seja o futuro, embora nada tenha sido confirmado oficialmente.

Digimon: O Digimundo é um universo alternativo que existe à partir da rede de computadores da Terra. Lá, além dos Digimon, existem animais, humanos e até gnomos digitais.

Pokémon: No anime, acompanhamos Ash, Brock, Misty e os novos amigos que se unem à jornada do protagonista para se tornar o maior mestre Pokémon de todos os tempos.

Digimon: A cada temporada, novos DigiEscolhidos são selecionados para ajudar os Digimon a salvarem o DigiMundo. Quando sua jornada chega ao fim, eles são mandados de volta à Terra até que um novo desequilíbrio surja e novas crianças sejam escolhidas.

Pokémon: Evolução é uma mudança na forma do Pokémon, acompanhada de uma melhoria em seus atributos de forma definitiva.

Recentemente, foram adicionadas ao canon da série as Mega Evoluções. Diferente das evoluções tradicionais, as Mega Evoluções são temporárias e exigem que um Pokémon esteja equipado com a Mega Stone correspondente. Assim, seu treinador poderá ativá-la através do Mega Ring.

Digimon: As DigiEvoluções são permanentes assim como as Evoluções dos Pokémons. A diferença é que graças aos DigiVices dos DigiEscolhidos os Digimon conseguem alcançar suas formas futuras de forma mais rápida e temporária.

As DigiEvoluções ocorrem de forma natural e muito mais demorada, mas ainda assim os monstrinhos conseguem atingir suas evoluções sem a ajuda dos DigiVices. Quando ocorrem dessa forma, os Digimon não voltam às suas formas Novato/Adulto.

Existem também as DigiEvoluções Corrompidas que acontecem quando algo dá errado durante a DigiEvolução e resulta em um Digimon defeituoso e descontrolado.

Pokémon: Apesar de demonstrarem sentimentos e afeição por outros Pokémon, e logicamente pelos seus treinadores, não parece existir uma relação afetiva complexa entre os monstrinhos.

Em alguns momentos os vemos se relacionarem, mas como são tratados basicamente como bichinhos de estimação, a profundidade das relações não é explorada. Além disso, poucas vezes os Pokémon demonstram um comportamento independente, sendo, na maioria das vezes, um reflexo das vontades de seu treinador.

Digimon: O fato de não possuírem sexo não impede os Digimon de se relacionarem afetivamente, ou até mesmo de criarem inimizades. Além disso, os monstrinhos são livres para escolherem de qual lado lutar. Um exemplo disso é Tailmon que durante um bom tempo foi uma vilã.

Pokémon: Pokémon podem se reproduzir com outros Pokémon do mesmo grupo. Quando isso acontece, o Pokémon gerado do ovo será da mesma espécie da mãe, mas poderá apresentar habilidades diferentes da mãe.

Digimon: Digimon não tem sexo e, consequentemente, não se reproduzem. Mas isso não os impede de formar uma família. Muitas vezes, Digimon que permanecem unidos podem adotar Digimon filhotes.

Também existem casos de Digimon irmãos, quando mais de um Digimon nasce de um mesmo Digiovo.

Pokémon: Todos sabemos que o tempo parece não passar para Ash e seus amigos. Por mais que as aventuras aconteçam e as temporadas vão passando, nosso protagonista continua firme e forte com seus Produtos Ivone.

Digimon: É notável a passagem de tempo de uma temporada para outra. Isso fica ainda mais evidente com o recente Digimon Tri. A cada nova aventura, os personagens evoluem física e mentalmente.

Mesmo que exista um truque para que esse envelhecimento não seja tão perceptível, já que uma hora no Mundo Humano equivale a alguns meses no DigiMundo.

Pokémon: Assim como o sexo, a morte também sempre foi tratada como um tabu na série. Por mais que os Pokémon sofram ferimentos absurdos durante suas batalhas, jamais vimos um monstrinho morrer devido a isso.

Embora existam casos de treinadores que contem histórias de amigos perdidos, isso jamais foi retratado explicitamente. Também existem os cemitérios espalhados pelos jogos, mas a morte é meramente uma alegoria dentro da saga.

Digimon: Digimon não podem morrer. A cada vez que são destruídos, eles renascem à partir de um novo DigiOvo. Talvez seja por isso que a morte é mostrada tão frequentemente na série.

Pokémon: Por mais que o vocabulário da maioria dos Pokémon se limite a repetir seu próprio nome, grande parte dos monstrinhos possui uma personalidade bem definida. Como o temperamental Charizard e os descolados Squirtles do Esquadrão Squirtle.

Digimon: Digimon podem se comunicar com humanos claramente e embora seus dados lhe deem características como aparência e voz, eles podem escolher qual caminho tomar, independente de sua origem.