Yamato foi um dos professores de Naruto durante a fase Shippuden do anime e auxiliou em alguns momentos importantes, como quando o garoto aprendeu o Rasenshuriken. Mas o personagem acaba sendo uma fraqueza do protagonista devido a uma habilidade específica de Yamato.

Durante o treinamento, sempre que Naruto começava a utilizar o chakra da Raposa de Nove Caudas, Yamato era capaz de neutralizar o poder da criatura. Com isso, se em algum momento o protagonista precisasse enfrentar Yamato ele estaria um pouco mais fraco por não conseguir utilizar o poder da Kyuubi.

Apesar de bem forte, Naruto não tem muito conhecimento, principalmente em habilidades como Genjutsus. Isso pode se mostrar um problema quando se enfrenta algum adversário que utiliza dessas habilidades, já que é necessário saber com o que se está lidando para superar o poder.

Contra Genjutsu o usuário precisa em um primeiro momento perceber que está preso na habilidade para então conseguir encontrar uma forma de sair. Se o seu conhecimento no tipo de jutsu não é muito grande, fica mais difícil de reconhecer que já está preso.

Em certas lutas as emoções de Naruto podem até ser bem utilizadas, seja para convencer seu adversário a mudar de lado, ou ficar mais motivado. Mas muitas vezes o fato do protagonista deixar suas emoções falarem mais alto pode colocá-lo em problemas.

Como Naruto não consegue esconder suas emoções, é fácil de perceber em uma batalha quando ele está confiante ou assustado. Além disso, quando o protagonista está nervoso ele não consegue escutar a razão e acaba agindo ainda mais por impulso, podendo levar a situações ruins.

Os Receptores de Chakra são uma das armas mais perigosas do mundo de Naruto. Eles foram utilizados por Pain durante suas lutas e se mostraram um grande desafio para o protagonista. As armas são infundidas com o chakra do usuário, então quanto mais forte, mais poderoso será o objeto.

Naruto teve muita dificuldade em lidar com os Receptores já que ao ser acertado seu fluxo de chakra é atrapalhado, tornando mais difícil utilizar suas habilidades. A arma também fez com que o protagonista ficasse paralizado, sendo um alvo fácil para Pain.

Apesar de consumir álcool seja algo que os shinobis não deveriam fazer, é possível ver alguns personagens bebendo em ocasiões especiais, ou então sem querer como foi o caso de Rock Lee. Mas diferente do garoto, Naruto não se torna mais forte ao beber um pouco de sake.

Quando Naruto foi nomeado Hokage aconteceu uma grande celebração e o protagonista decidiu tomar um pouco de sake. Seu corpo parece não ter nenhuma resistência ao álcool, fazendo com que seus amigos tivessem que carregá-lo de volta para a casa.

Desde o primeiro episódio Naruto tinha o sonho de se tornar Hokage e estava disposto a qualquer coisa para chegar no seu objetivo. O garoto não deixa ninguém lhe dizer que ele não consegue algo, mesmo que isso o coloque em uma situação difícil.

Em certos momentos Naruto acaba não ouvindo os planos e estratégias de seus superiores, por acreditar ser capaz de resolver o problema por conta própria. Isso faz com que ele de fato consiga em algumas ocasiões, mas em outras o coloca em uma situação perigosa.

Naruto é um personagem muito forte e está sempre disposto a resolver seus problemas em uma batalha. Mas nem sempre força bruta e dedicação são o bastante para vencer uma luta e é nesses momentos que sua fraqueza é mostrada.

Naruto não busca uma lógica em suas batalhas, não tenta entender como a habilidade de seus inimigos funcionam e como lidar com elas de uma forma que não seja com força bruta. Com isso, pode ser que o protagonista tenha dificuldade em algumas batalhas contra personagens que ele não pode superar somente em força.

Naruto venceu diversas de suas lutas usando sua força física, o chakra da Raposa e também seu Rasengan, principal jutsu que o personagem utilizava. Mas o garoto não tem uma grande variedade de conhecimento em jutsu para utilizar em suas batalhas, caso alguma de suas habilidades não funcione no seu inimigo.

Além disso, a falta de conhecimento em jutsu de Naruto faz com que ele não consiga perceber quais habilidades seu adversário tem. Seu conhecimento pequeno também faz com que seja mais difícil se livrar de certas habilidades e se mostrou um problema na batalha contra Kaguya e Jigen.