Sendo criados como uma nova encarnação dos “Mestres do Terror”, os Thunderbolts foram inicialmente agrupados pelo Barão Zemo. Para resgatar Erik Josten, na época o herói Golias, Zemo pediu a ajuda de diversos antigos vilões dos Mestres do Terror: Besouro, Fixer e a Soprano.

Acreditando que a “reunião” era um sinal para se vingar do Capitão América e dos Vingadores, Zemo começou a organizar sua equipe. Contudo, antes que pudessem atacar, houve a trama do Massacre e os heróis, aparentemente, haviam morrido.

Explorando a falta de heróis, os Mestres do Terror começaram a agir como heróis, tramando para fingirem serem “bonzinhos” até chegarem a uma posição de confiança e poder.

Contudo, diversos membros realmente começaram a acreditar que poderiam fazer o bem, acabando com os planos de Zemo.

Após sua criação, Zemo acabou recrutando uma jovem heroína chamada “Choque”. Contudo, seu idealismo acabou “contagiando” os outros vilões e fazendo com que eles passassem a agir mais heroicamente. Além disso, todos os antigos vilões adoraram os novos nomes.

Alguns heróis famosos fizeram parte dos Thunderbolts, entre eles o Gavião Arqueiro, Luke Cage e a Viúva Negra. Os vilões Rocha Lunar, Nevasca, Mercenário, Venom e Fanático também fizeram parte da equipe.

Em suas diversas encarnações, os Thunderbolts lutaram contra vários heróis e vilões. No entanto, alguns se destacam, entre eles o Barão von Strucker, Graviton, Homem Púrpura e a Manto Rubro.

Também lutaram contra os Mestres do Terror, o Hulk, os Guerreiros Secretos, a Viúva Negra e Nick Fury.

Um de seus maiores inimigos, porém, foram os ”Anjos Enjaulados”. Um grupo de quatro telepatas que passaram a controlar mentalmente a equipe, fazendo com que Venom voltasse a comer (literalmente) pessoas, o Homem Radioativo ameaçasse causar câncer a toda equipe, Norman Osborn voltasse a ser o Duende Verde e a Rocha Lunar planejasse matar a todos.

Os telepatas foram mortos pelo Mercenário, que ao acordar de uma cirurgia, os utiliza como alvo - para saber se ainda possuía suas habilidades, sem saber que estava, na verdade, salvando a equipe.

Mesmo sendo uma equipe da Marvel e com um tom mais “adulto”, os Thunderbolts nunca tiveram, realmente, grandes romances e casais. Um dos principais na primeira encarnação foi entre Soprano e Abner Jenkins, o Besouro e MACH-I/II/III/IV.

Na mais nova encarnação, também houve um envolvimento “romântico” entre Elektra e Justiceiro. Também houve um breve momento em que diversos Thunderbolts se tornaram “Vingadores Sombrios” e o Daken, na época o Wolverine Sombrio, acabou desenvolvendo um certo tipo de amizade/rivalidade com o Mercenário, chegando a beijá-lo.

Os Thunderbolts já tiveram diversos membros e, como toda equipe, já decidiram se separar. A equipe já "acabou" diversas vezes, sendo as principais:

• Vingadores/Thunderbolts #6 - Sangue irá Dizer

• Vingadores Sombrios #183 - O fim está começando

• Thunderbolts #109 - Além da Redenção

• Thunderbolts #143 - O fim de Tudo

• Thunderbolts #127 - Queimando a Casa

• Thunderbolts v2 #32 - O Justiceiro vs. Thunderbolts

Os Thunderbolts já tiveram vários meios de transporte. Entre eles o T-Bird, Thunderjet e o T-Wagon, todos semelhantes a jatos. O maior foi a Zeus, uma grande nave de onde eles comandavam, semelhante a um pequeno Helicarrier.

Como base de operações, eles já utilizaram a Balsa (prisão de vilões super-poderosos); o Cubo; o “Four Freedoms Plaza” (um edifício do Quarteto Fantástico) e também tiveram uma base no monte Charteris.

A única aparição dos Thunderbolts fora dos quadrinhos é no desenho do Ultimate Spider-Man, onde eles são um grupo de super guerreiros criado pelo Treinador. Entre os integrantes estão o Abutre, Manto e Adaga. Além disso, eles tem o Duende Verde como aliado.

Muitos fãs do Thunderbolts colocam a história de Warren Ellis, entre as edições #110 a #121 como uma das melhores da equipe. O arco focado na Viúva Negra de Andy Diggle, nas edições #133 e #136, foi elogiado pelos fãs e pela crítica.

Além disso, toda a primeira e clássica história de Kurt Busiek - da primeira até a décima terceira edição do primeiro volume - é adorada pelos fãs, além de ter feito com que a equipe se tornasse a favorita de muitos no final dos anos 90.

Diferente de outras equipes, os Thunderbolts - mesmo com mais de duzentas e cinquenta aparições, não tiveram muitos de seus membros mortos. Em uma de suas primeiras missões o Fixer, na época utilizando o nome de Techno, tem seu pescoço quebrado. Mas logo é substituído por um androide para o qual sua mente foi transferida. Ele também foi ressuscitado algum tempo depois.

Além disso, quando controlados pelo Homem-Púrpura, Atlas ataca Genis-Vell, o matando e jogando em um rio. O Barão Zemo o traz à vida com rochas lunares. Isso contudo acabou fazendo com que Genis acumulasse um grande nível de energia e Zemo acabou o separando em diversos pedaços e os espalhando em diferentes partes da dimensão escura.

Diversos Vilões já foram “chamados” para integrarem os Thunderbolts. Contudo, nem todos tinham realmente o potencial para fazer o bem.

Durante a Era Heroica, o Capitão América chegou a dar uma lista de vilões que poderiam integrar a equipe para Luke Cage. Entre eles estavam o Homem-Absorvente, Vetor, os Jovens Mestres, o Homem-Hídrico, Doctor Sax, Grizzly e a Man-Killer.

Diferente da antiga equipe de Thunderbolts, o Hulk Vermelho decidiu criar uma equipe com o mesmo nome, porém muito semelhante a X-Force, e não os antigos Thunderbolts.

A equipe do Hulk Vermelho contava com Elektra, Justiceiro, Deadpool, Motoqueiro Fantasma e Agente Venom. Eles "cortavam o mal pela raiz" e eliminavam as ameaças antes que elas atingissem a humanidade.

A equipe acabou quando o Justiceiro decidiu se virar contra os antigos aliados, porém teve mais de 30 edições - o que é bastante considerando que a maioria dos títulos da Marvel atualmente não passa de 15 edições antes de ser renumerada e ganhar uma nova equipe criativa!