Ambas surgiram mais ou menos na mesma época e partiram de videogames. No entanto, jogos completamente diferentes.

Pokémon veio para se tornar uma das maiores franquias midiáticas do Japão. Criada por Satoshi Takiri em 1995, a série começou a partir de videogames em RPG lançados para o console Game Boy, da Nintendo. Logo se tornou uma franquia adaptada em várias mídias diferentes, e até hoje é extremamente popular no mundo todo, com seus novos jogos sempre aguardados ano após ano.

Por sua vez, Digimon nasceu da febre criada pelo Tamagotchi. Veio como um pet virtual projetado inteiramente por dados e destinados a lutar. Posteriormente, passou a fazer sucesso com o lançamento do anime e outros videogames.

As séries animadas de Pokémon e Digimon se diferem em bastante coisa, e especialmente em seu tamanho e divisão de temporadas.

Pokémon é uma série gigantesca, com mais de mil episódios, que é exibida desde 1997 até hoje. São mais de 20 temporadas, que seguem o personagem Ash desde o início. O anime é mais uma maneira de fortalecer a relação da franquia com as crianças do que realmente uma história que mereça ser contada.

Já Digimon é uma série de sete temporadas, lançadas entre 1999 e 2017, onde cada uma apresenta um grupo de personagens novos, concluindo no fim a jornada desses jovens Digiescolhidos. Quase sempre, elas trazem algum tema central da temporada e expandem o universo da franquia.

No anime de Pokémon, os episódios são quase sempre bem episódicos, com arcos bem definidos se abrindo e se fechando em torno dos 20 minutos de duração. Quase sempre segue os encontros e desencontros da jornada de Ash e seus amigos.

Já em Digimon, cada episódio contribui para uma trama maior, se aproximando mais dos animes tradicionais.

Outro fator determinante na diferença entre Pokémon e Digimon é o desenvolvimento de personagens. No anime de Pokémon, não dá para dizer que houve uma evolução no personagem principal, Ash. A cada nova temporada e região onde ele se encontra, parece que Ash perde qualquer experiência e maturidade adquirida ao longo das centenas de episódios.

Já em Digimon, há um desenvolvimento claro entre os personagens a cada episódio, suas relações são mais complexas e seu amadurecimento é visível.

O universo de Pokémon é uma espécie de realidade alternativa a nossa, onde os animais são na verdade, monstrinhos de bolso. Humanos e Pokémon convivem em harmonia em boa parte desse mundo, e um dos costumes mais comuns é que os bichinhos sejam usados para batalhar uns com os outros em competições. A cada temporada do anime e a cada título novo dos games, descobrimos um novo local do universo Pokémon nunca antes explorado.

Já em Digimon, os personagens conhecidos como "Digiescolhidos" vivem em nosso mundo. Porém, paralelo a ele, existe o Digimundo, um universo digital onde existem os Digimons, entre outras criaturas.

As batalhas em Pokémon e Digimon são diferentes principalmente se pensarmos que o grande ponto da franquia Pokémon é exatamente as batalhas. Os primeiros jogos da série já colocavam as batalhas entre os monstrinhos como seu mote principal. Os chamados Treinadores passam uma vida se dedicando a evoluir as habilidades dos Pokémon para enfim chegar às famosas Ligas Pokémon.

Em Digimon, as batalhas não são o ponto da história, apesar de surgirem com muita frequência. Na trama do anime, por exemplo, os Digiescolhidos descobrem que precisam salvar o Mundo Digital e eventualmente precisam usar as habilidades dos Digimon para derrotar seus inimigos.

Em Pokémon, os monstros são criaturas que se desenvolveram ao longo das eras e acabaram sendo domesticadas pelos humanos. São, basicamente, os animais do nosso universo.

Em Digimon, as criaturas são monstros formados por dados coletados da internet. Como são criados de forma aleatória podem assumir características de diferentes animais, plantas, veículos ou objetos.

A maneira como os Pokémon e os Digimon se comunicam é diferente. Os Pokémon repetem o próprio nome, como se eles tivessem sido batizados a partir do som que eles emitem.

Já os Digimon conseguem falar a língua dos humanos, além de possuírem um sistema de comunicação entre si.

Os Pokémon possuem uma linha evolutiva linear e permanente, e que dependem da exposição a algumas condições.

Os Digimon possuem um sistema evolutivo que muda de acordo com seus parceiros, ambiente, alimentação e etc. Além disso, o uso dos Digivices, dispositivos dos Digiescolhidos, ajudam os monstrinhos a evoluírem para algumas de suas formas mais poderosas e depois voltar a sua forma "normal".

Em Pokémon, ao atingir os 10 anos, as crianças têm o direito a escolher seu primeiro parceiro Pokémon entre os iniciais da região onde vive. E durante sua vida pode capturar e abandonar outros Pokémon, podendo carregar até 6 monstrinhos com você.

Já em Digimon, apenas os Digiescolhidos possuem Digimon. No entanto, eles não escolhem seus parceiros. O Digimon já nasce destinado a ser companheiro da criança. Sendo assim, seu único parceiro.