Recém chegado em Neo Tóquio 3 a pedido de seu pai, a quem não via há dois anos, Shinji recebe um pedido nada comum: pilotar o Evangelion unidade 01 e matar um anjo que estava prestes a destruir a cidade.

Como era de se esperar de qualquer criança de 14 anos, Shinji se recusa, mas depois de muita insistência por parte de Misato, o garoto "entra no robô" e faz o melhor que pode... apenas para perder a consciência no meio da luta e acordar no hospital sem saber como venceu.

Essa é a primeira vez que Shinji pilotou seu Eva, o que iniciaria uma torrente de acontecimentos e sentimentos que o assombrariam até o fim de seus dias.

Gendou Ikari é um homem frio, calculista, por vezes cruel e nunca demonstrou um pingo de amor a seu filho, Shinji, do qual sempre foi distante. Mas com Rei Ayanami, a história é outra.

Quando o teste com a unidade 00 do Eva dá errado, Gendou corre desesperado para salvar Rei, chegando a queimar severamente suas duas mãos para tirá-la do tubo de contenção onde ela estava só para se assegurar de que ela estava bem.

Essa cena mostra que Gendou não é o monstro que Shinji (e o espectador) pensa que ele é, e que ele tem sim um lado sentimental. Os personagens de Evangelion não são nada bidimensionais.

Evangelion é lembrado principalmente pela atenção detalhada que dá a psiquê de seus personagens, que tem reações como a que qualquer pessoa do mundo real teria ditante das situações as quais estão expostos.

Shinji é um garoto com sérios problemas de autoestima e que mantém uma certa distância das pessoas, o que Misato e Ritsuko clássificam como "o dilema do ouriço", que consiste em se afastar das pessoas por medo de se machucar ou de ser machucado, embora precisem desse amor e dessa empatia.

Mais uma vez, nos identificamos com Shinji, mais até do que gostaríamos. Chega a ser até doloroso para quem assiste.

De acordo com Ritsuko, Rei não é uma pessoa muito "adepta a viver", mas isso muda logo após a derrota do anjo Ramiel graças ao trabalho conjunto de Shinji e Rei.

Assim como seu pai, Shinji vai ao resgate da garota, forçando suas mãos para abrir o cilindro onde ela estava, e ao ver que ela estava bem, o piloto põe-se a chorar. Shinji então diz para ela que ela não está sozinha, e que mesmo que não saiba o que dizer em situações como essa, só o sorriso dela bastaria.

Rei então dá um sorriso sincero e verdadeiro a Shinji, o que o garoto guarda como um tesouro. Está formado um forte laço entre os dois, que seria posto a prova muito em breve por grandes tragédias.

Ao se depararem com um anjo cujos poderes são difíceis de se contra-atacar, é preciso que Shinji e Asuka, que não se dão nada bem graças ao temperamento forte da menina, lutem em sincronia total.

Os dois passam dias inteiros fazendo tudo juntos, em preparação para a batalha contra o anjo. O resultado é uma bela cena dos dois Evas combatendo lado a lado em movimentos precisamente sincronizados, ao som de uma música ainda mais bela.

Assim como a maioria dos personagens da série, Asuka não sabe lidar com seus próprios sentimentos e nem ser sincera consigo mesma. Isso fica bastante evidente em uma cena do episódio 15, onde ela se propõe a beijar Shinji simplesmente porque "estava entediada".

A princípio é uma cena engraçada, onde Shinji acaba interrompendo o beijo por falta de ar, o que faz a garota ficar fula da vida e lavar a própria boca em sinal de desgosto. Mas os sentimentos dela eram muito mais profundos que isso.

Perto do fim do anime, descobrimos a chocante verdade sobre a unidade 01 e a origem de Rei.

O Eva de Shinji está embuído de uma alma, tendo assim vida própria. E não é qualquer alma: trata-se de Yui Ikari, mãe de Shinji, que ficou presa ao Eva após um misterioso acidente quando o garoto tinha 4 anos.

Yui trabalhava com a SEELE em um projeto para criar almas artificiais, mas acabou tendo a sua própria absorvida pelo núcleo do Eva 01. Isso explica por que essa unidade sempre parecia ganhar vida própria quando Shinji corria risco de morte.

Gendou repetidamente tentou fazer clones de Yui e e colocar a alma de sua amada neles, fracassando repetidas vezes. Esse fracasso gerou Rei Ayanami, uma cópia de Yui.