Para quem não conhece, Charles Francis Xavier é um dos maiores e mais poderosos mutantes de todos os tempos. Seus poderes já exploraram todos os cantos possíveis da telepatia nos quadrinhos. Além de poderoso, ele é muito rico. Extremamente rico. Afinal, com a quantidade de vezes que a Mansão X é destruída, precisa ter muito em caixa para reconstruir.

Ele é filho do Dr. Brian Xavier, um grande pesquisador nuclear, com Sharon Xavier-Marko. Durante a gestação, Charles teria uma gêmea, porém, reconhecendo que aquele era um ser maligno, ele, ainda feto, usou seus poderes para tentar matar a irmã, causando um aborto. E essa era Cassandra Nova.

Além de Cassandra, Charles também tem outro irmão, adotivo, chamado Cain Marko, vindo de um casamento da mãe de Xavier depois do falecimento de seu pai.

Cain Marko é irmão adotivo de Xavier e, no futuro, ganhou os poderes do demônio Cyttorak, tornando-se o Juggernaut! Dr.Kurt Marko, pai de Cain, era o dono da mansão que se tornou a Mansão Xavier. Cain cresceu odiando Charles por conta de seu próprio pai favorecer mais o filho adotivo que ele mesmo, além de Kurt ser extremamente abusivo com Cain e Sharon. Ainda, em um momento de descontrole, Charles invadiu a mente de Cain enquanto o garoto era espancado pelo pai, criando um ódio ainda maior do futuro Juggernaut.

Saltando um pouco no tempo, após formado, em uma de suas viagens para Israel, em uma clínica para vítimas traumatizadas pelo Holocausto, Xavier conheceu a jovem, em estado catatônico, Gabrielle Haller. Charles usou seus poderes para tentar salvar a mente da garota e conseguiu, levando a um romance entre os dois.

Ele permaneceu em Israel, com Gabrielle, por algum tempo, até que eles terminaram o romance e Xavier partiu, sem saber que Haller estava grávida e, no futuro, seu filho, nomeado como David Haller, tornaria-se o mutante psicologicamente abalado Legião.

Durante essa mesma viagem, em Israel, Charles conheceu Erik Magnus Lehnsherr, um dos voluntários na clínica. Os dois tornaram-se amigos e lutaram contra um ataque da Hidra e do Barão von Strucker, que sequestrou Gabrielle por conta de uma informação que ela possuía. O momento de separação entre os amigos chega quando Erik tenta matar von Strucker, mas Xavier o para, fazendo Magnus perceber sua eterna incompatibilidade com os ideais do amigo.

Tempos depois, já com o grupo dos X-Men montado, o Professor Xavier foi contatado por Lilandra Neramani, a princesa da raça alienígena Shi’ar, com quem compartilhou um ligação psíquica intensa. Lilandra precisava da ajuda do Professor e sua equipe para liberar seu povo do domínio de seu irmão tirano, D’Ken Neramani. Durante a aventura, os dois se apaixonaram e Xavier morou com a agora Imperatriz Lilandra por um tempo em Chandilar.

Uma das maiores e mais terríveis inimigas de Xavier se formou ainda quando ele estava no útero. A gêmea de Charles, que os Shi’ar chamaram de Mummudrai, que seria um espírito que o igual e o oposto de uma pessoa, Cassandra Nova foi quase eliminada por Xavier ainda no útero, quando ele usou seus poderes, sentindo uma força maligna da irmã, para forçar um aborto. Porém, Cassandra não morreu e passou seus anos futuros em uma situação, para dizer o mínimo, miserável, construindo um novo corpo para si e planejando sua vingança contra o irmão.

E a vingança chegou de várias formas. Cassandra é a responsável pelo massacre mutante em Genosha, quando, depois de um grande plano, liberou Sentinelas gigantes na nação, causando a morte de mais de dezesseis milhões de mutantes. Ainda, Cassandra já tomou conta do corpo de Xavier e quase destruiu o Império Shi’ar. O último ataque de Nova aos X-Men foi através de Emma Frost, controlando a mutante para tentar se livrar da prisão que foi colocada, criando um “Clube do Inferno psíquico” através dos poderes da Rainha Branca.

Durante os anos, Charles fala algumas vezes sobre um lado obscuro de sua consciência e seus poderes, que ele tenta suprimir a todo custo. Esse “dark side” já deu as caras algumas vezes, mas a maior exploração dele foi quando, em uma batalha com o Magneto, Xavier perdeu o controle e absorveu parte da consciência do vilão, criando a entidade chamada Onslaught, ou Massacre, onde foi necessária a junção dos Vingadores, dos X-Men e do Quarteto Fantástico para derrotar o vilão.

A Sala de Perigo sempre foi uma constante para os X-Men, construída (e reconstruída) pelo Professor para treinar a equipe. Em uma das reconstruções, Xavier usou tecnologia Shi’ar e, em algum momento, a própria Sala sofreu uma mutação tornando-se viva. Charles estava consciente da vida artificial se desenvolvendo na Sala, porém ignorou, quando precisava do equipamento para treinar seus alunos.

Depois de várias reconstruções, a Sala evoluiu até o ponto de convencer um estudante da escola a cometer suicídio, quebrando suas diretrizes primárias, gerando a manifestação física e livre da Sala, a Danger, ou Perigo, jurando vingança contra o Professor. No fim, com algumas aventuras no caminho, a Perigo acabou entrando para a equipe.

A morte do Professor X já foi trabalhada algumas vezes nos quadrinhos, mas nunca tão seriamente quanto os acontecimentos no final de Avengers vs X-Men. Com a Força Fênix em seu corpo, o Ciclope mata o Professor Xavier em meio a uma batalha, causando o surto necessário para derrota-lo. Scott não culpa a Fênix pelo ato e assume que realmente quis fazer aquilo.

Uma curiosidade sobre o Professor é que, em X-Tinction Agenda, é dito que seu livro favorito é “The Once and Future King”, ou “O Único e Eterno Rei”, de T.H. White. Esse é um easter-egg mostrado em X-Men 2, quando, no começo, é mostrado o Magneto lendo o mesmo livro, enquanto preso.