O Superboy-Prime nada mais é que a versão de Kal-El do multiverso Prime. Ele foi criado na pré-Crise das Infinitas Terras e, em seu universo, Lara e Jor-El eram cientistas que o transportaram para a Terra através de uma máquina que criaram para teletransporte. Ainda, a Kripton desse universo foi engolida pelo Sol vermelho daquele sistema, não explodiu, o que significa que não gerou Kriptonitas capazes de enfraquecer o garoto.

Kal-El foi adotado por Jerry e Naomi Kent na Terra-Prime e recebeu o nome de Clark, mesmo que, nessa Terra, já havia um super-herói dos quadrinhos com esse mesmo nome. Clark-Prime não possui poderes Kriptonianos e se apaixona por Laurie Lemmon. O nome “Superboy” veio de seus colegas de escola, que o apelidaram por conta de sua associação com o herói dos quadrinhos.

É colocado que o Superboy-Prime é o Superman mais poderoso dos multiversos da DC, ou almeja ser, pelo menos. Além de possuir todas as habilidades e poderes do Superman original, ele possui imunidade à magia e à Kriptonita, visto que sua Kripton não explodiu, foi engolida pelo Sol vermelho, não deixando vestígios do elemento para ser usado contra ele. Durante a história, ele aumenta seus poderes através de uma armadura que armazena luz do Sol amarelo, além de ganhar os poderes de um dos Guardiões do Universo.

Prime é tão poderoso que pode entrar na Quinta Dimensão quando quiser e já socou as barreiras da realidade ao ponto de criar a Crise Infinita. Ainda, na Crise Final, é colocado que a verdadeira identidade do Senhor do Tempo é o Superboy-Prime do futuro, o que permite concluir que ele pode possuir todo o poder de todas as linhas do tempo.

Para aumentar seus poderes, o Kal-El Prime utiliza uma armadura que armazena energia solar. Sua estrutura de armazenamento de energia é diferente da do Kal-El original, fazendo com que seus poderes sejam drenados mais rápido, porém consegue se regenerar mais rápido também. Ele construiu a armadura baseada no vilão Antimonitor, enquanto estava preso em uma Terra alternativa pelos Flashes.

A Terra-Prime era um dos Multiversos da DC antes da Crise nas Infinitas Terras. Nessa Terra, o Superboy-Prime não possuía poderes até que, na noite em o cometa Halley passou, ele percebe a alteração em seu corpo e, logo em seguida, conhece o Superman da Terra-1. Na Terra-Prime, os super-heróis da DC existem apenas nos quadrinhos e foi de onde o nome de Clark foi tirado, o que lhe rendeu o apelido de Superboy.

Esse universo é o principal motivo pelo qual o Superboy passa de herói para vilão, quando, a primeiro momento, ele está do lado do Superman na Crise nas Infinitas Terras. Após o desastre, tornando todos os multiversos em um, o Superboy foi o único sobrevivente da Terra-Prime. Após isso, tem tentado de novo e de novo recriar seu planeta ou trazê-lo de volta, até que ele consegue voltar para a casa, mas não tem a recepção esperada.

O Prime aparece pela primeira vez na Crise nas Infinitas Terras, quando descobre seus poderes e se encontra com o Superman da Terra-1. Após os eventos da Crise, perdendo todo seu universo e lutando ao lado de suas versões de outros multiversos contra o Antimonitor, ele se junta ao Alex Luthor Jr. da Terra 3 em uma dimensão paraíso, onde passa anos isolado, sendo manipulado por Luthor, perdendo sua consciência.

É a partir daqui que ele enlouquece e vira uma máquina de matar descontrolada. O Superboy-Prime se descontrola, em busca de recriar sua Terra, quebrando as barreiras da realidade, criando a Crise Infinita. Nessa saga, ele é derrotado pelo Superman e é aprisionado dentro de um Sol vermelho.

Após ser libertado pela Tropa Sinestro de seu cativeiro no Sol Vermelho, Prime torna-se uma máquina mortífera, destruindo planetas e universos inteiros. Quando ele destrói o universo da Terra-51, liberando a energia contida dentro da armadura do Monarca, ele fica perdido na linha do tempo, até que o Senhor do Tempo o encontra e o transporta para o século 31, em uma tentativa de destruir a Legião dos Super-Heróis.

O plano, em partes, se concretiza, quando Prime torna-se o líder da Legião dos Super-Vilões. Durante a batalha, o Superman descobre que o Senhor do Tempo é o Superboy de um futuro alternativo, perdido tantas vezes nas linhas do tempo que tornou-se um paradoxo. O Superboy-Prime e o Senhor do Tempo lutam entre si e, enfim, Prime é jogado de volta para sua Terra Primordial.

Quando volta para a Terra-Prime, o Superboy descobre que toda sua saga fora de seu planeta foi acompanhada pelos habitantes através dos quadrinhos e, agora, ele era um ser temido naquela realidade, ainda que estivesse sem seus poderes.

Ele fica obcecado pelas hqs da DC daquela realidade, onde pode observar os outros universos, e, então, percebe que ainda possui poderes.

A história do Prime atravessa, praticamente, todos os limites temporais e espaciais dos quadrinhos da DC, quebrando, inclusive, a quarta parede, quando ele coloca a editora e os quadrinhos dentro da própria trama. A Terra-Prime não é a nossa Terra, porém, nela os super-heróis da DC estão apenas nos quadrinhos, com exceção de Prime, que ainda possui seus poderes.

Em A Noite Mais Densa, ele vai atrás dos próprios editores da DC, ao qual acusa por todos os seus problemas. Nessa história, ainda são trabalhados spoilers na internet, ultrapassando mais um pouco a barreira. No fim, os editores, aterrorizados, escutam o pedido do vilão perturbado e fazem um “final feliz” para o Superboy-Prime.

Prime é constantemente perturbado pela destruição de seu universo, motivo pelo qual torna-se um vilão. Porém, no fim de A Noite Mais Densa o vemos questionar todo o seu caminho sangrento até ali, o que faz os editores da DC lhe darem seu “final feliz”.

Final feliz que não dura muito tempo, porque ele volta, problemático e destrutivo, nas histórias dos Novos Titãs, algum tempo depois.

Em um ponto da história, o Superboy-Prime trocou seu codinome para Superman-Prime, mas não foi apenas uma jogada de crescimento do personagem. Na época, a DC estava em um processo judicial contra a família Siegel, que entrou com um processo contra o uso do Superboy como uma marca, então o nome foi mudado. Porém, o processo foi resolvido e, então, Prime voltou a ser o Superboy.